En la Universidad Autónoma del Estado de México, desde que fue fundada, siempre han existido planes y programas de desarrollo, pero es hasta la década de 1970 cuando se empiezan a elaborar de manera sistemática, ya que en esos años se establece el Departamento de Planeación Universitaria, que elabora estadísticas y manuales de organización, pero que participa también en estudios de prospectiva, principalmente relacionados con el crecimiento de la demanda de ingreso y sus factores condicionantes.
Posteriormente, a partir de los años ochenta, debido al explosivo crecimiento de la Universidad, la planeación se vuelve instrumento indispensable para definir políticas institucionales que permitan administrar eficientemente la cada vez más compleja organización universitaria, de modo que, a partir de la administración 1981-1985, todos los rectores presentan en su oportunidad un plan de desarrollo como parte de sus obligaciones al asumir el cargo.
La planeación en la Universidad Autónoma del Estado de México se vincula con el Sistema Nacional para la Planeación Permanente de la Educación Superior (SINAPPES) a través de sus diferentes instancias: Coordinación Nacional para la Planeación de la Educación Superior (CONPES), Consejo Regional para la Planeación de la Educación Superior (CORPES), Comisión Estatal para la Planeación de la Educación Superior (COEPES) y Unidad Institucional de Planeación (UIP); siendo esta última, la instancia que promueve y coordina el proceso de planeación de cada institución de educación superior. A la UIP de la UAEMéx le corresponde coordinar las tareas de planeación de las dependencias académicas y administrativas de la Institución, proporcionar los elementos metodológicos para tal efecto, asesorar su aplicación y sistematizar e integrar los trabajos generados en un marco de planeación participativa, a fin de presentarlos a la consideración de las autoridades de la misma.
Para ello, incorpora los indicadores de evaluación de la Comisión Nacional para la Evaluación de la Educación Superior (CONAEVA) y los Comités Interinstitucionales de Evaluación de la Educación Superior (CIEES), a los mecanismos de regulación institucional, con lo cual se renueva el concepto de evaluación como un sistema de control de las actividades institucionales que reflejan los avances cuantitativos en el cumplimiento de metas y programas, y conlleve a un replanteamiento de los programas operativos para futuros periodos.
Hasta antes de 1996, los instrumentos oficiales de planeación eran el Plan Institucional de Desarrollo (PIDE) y los planes de desarrollo específicos de cada plantel académico y administrativo. El Estatuto Universitario aprobado en 1996 modifica esta perspectiva al establecer el Plan General de Desarrollo, cuyo horizonte abarca 12 años, y el Plan Rector de Desarrollo Institucional (PRDI), que debe elaborar cada nueva Rectoría durante los primeros cinco meses de su gestión, y que comprenden los cuatro años estipulados por la legislación Universitaria.
El tercer instrumento de planeación dentro de la UAEMéx se integra por los planes de desarrollo de los organismos académicos y actualmente de las Unidades académicas profesionales (UAP); cada uno de ellos contempla líneas rectoras, así como los compromisos de cada organismo, de acuerdo con sus características particulares de desarrollo, en sus funciones sustantivas y adjetivas y en concordancia con el Plan General de Desarrollo y el PRDI. Para la elaboración de este tercer instrumento, se cuenta con asesoría de la Secretaría de Planeación y Desarrollo Institucional (SPyDI). Además de manuales y documentos guía, que proporcionan los elementos pertinentes para producir documentos congruentes con las condiciones y necesidades de cada espacio universitario.